がん研セミナー(１月１６日)のお知らせ

演題：大規模データを用いたデータ駆動型ゲノム解析：高次ゲノム機能の体系的解明を目指して

演者：中戸 隆一郎　博士（東京大学定量生命科学研究所・准教授）

抄録：次世代シーケンサー（NGS）を利用した解析技術の発展により、遺伝子発現量、エピゲノム状態、ゲノム立体構造、細胞種組成解析など、さまざまなゲノム・エピゲノム情報を全ゲノム的にとらえることが可能になった。われわれはそのようなNGSデータを対象とした手法開発と生物学的知見獲得にこれまで一貫して取り組んでいる。本講演では、これまで取り組んできたNGS解析のための新規解析手法、及びそれらを用いたデータ駆動形ゲノム解析の実例について紹介する。利用可能なデータがますます蓄積され、深層学習などを用いた先駆的な解析手法が次々誕生している現在においても、我々の目指す「データそのものから全く新しい知見を獲得する大規模解析」は今なお困難である。講演の後半では、真のデータ駆動型解析を達成するために何が必要かについて、聴衆からの意見を交えながら議論したい。

【関連する発表論文】
●    Nakajima N, Hayashi T, Fujiki K, Shirahige K, Akiyama T, Akutsu T, *Nakato R.
Codependency and mutual exclusivity for gene community detection from sparse single-cell transcriptome data, Nucleic Acids Research, vol. 49, issue 18, e104, 2021.
●    Wang J, Bando M, Shirahige K, Nakato R.
Large-scale multi-omics analysis suggests specific roles for intragenic cohesin in transcriptional regulation, Nature Communications, 2022.
●    Nakato R, Sakata T, Wang J, Nagai LAE, Nagaoka Y, Oba GM, Bando M, Shirahige K.
Context-dependent perturbations in chromatin folding and the transcriptome by cohesin and related factors, Nature Communications, 2023.


日時：２０２４年１月１６日（火） １６:００ 〜 １７：００

場所：吉田記念講堂